Pusat Pengendalian Pembangunan Ekoregion Sulawesi dan Maluku mendapatkan penghargaan sebagai Satker Peringkat Kedua Kategori Penggunaan KKP Terbaik Semester II Tahun 2023 oleh Kementerian Keuangan Republik Indonesia
Pusat Pengendalian Pembangunan Ekoregion Sulawesi dan Maluku mendapat penghargaan sebagai Satker Peringkat Pertama Kategori Penggunaan KKP Terbaik Semester I Tahun 2024 oleh Kementerian Keuangan Republik Indonesia
Berdasarkan Keputusan Menteri Lingkungan Hidup dan Kehutanan Nomor 1246 Tahun 2024 tentang Nilai Hasil Pengawasan Kearsipan Internal dengan ini Sekretaris Jenderal Kementerian Lingkungan Hidup dan Kehutanan memberikan penghargaan kepada Pusat Pengendalian Pembangunan Ekoregion Sulawesi dan Maluku Sebagai Unit Pengolah yang memperoleh nilai pengawasan 111 81.45″ Kategori A (Memuaskan).
